Академическое «строительство» в Перми началось в 1971 году с образованием отдела физики полимеров Уральского научного центра АН СССР, а также подразделений в составе институтов экологии растений и животных и экономики (Екатеринбург).
В 1980 году отдел физики полимеров был преобразован в Институт механики сплошных сред Уральского научного центра АН СССР (ИМСС УНЦ АН СССР), его первым директором стал член-корреспондент Александр Александрович Поздеев, которого по праву считают основателем академической науки Прикамья.
В 1985 году на базе отдела химии Института механики сплошных сред УНЦ АН СССР был организован Институт органической химии с опытным производством Уральского научного центра АН СССР, переименованный в 1991 году в Институт технической химии Уральского отделения наук СССР (ИТХ УрО АН СССР).
Пермский научный центр Уральского отделения Академии наук СССР (ПНЦ УрО АН СССР) создан одновременно с Уральским отделением АН СССР постановлением ЦК КПСС и Совета Министров СССР № 1088 от 26.09.1987 г., постановлением Президиума Академии наук СССР от 22 января 1988 г. № 12 и постановлением Президиума Уральского отделения АН СССР от 1 февраля 1988 г. № 2.19 на базе учреждений Академии наук СССР, расположенных в городе Перми:
· Институт механики сплошных сред,
· Институт органической химии с опытным производством,
· Горный институт,
· Институт экологии и генетики микроорганизмов.
У истоков стоял первый председатель и организатор Уральского отделения академик Г.А. Месяц. Первым председателем Пермского НЦ и директором ИТХ УрО РАН АН СССР был член-корреспондент, д.т.н. Юрий Степанович Клячкин.
В 1988 году Отдел селекции и генетики микроорганизмов Института экологии растений и животных Уральского научного центра АН СССР (Свердловск) преобразован в Институт экологии и генетики микроорганизмов УрО АН СССР (позднее ИЭГМ УрО РАН). Возглавил Институт будущий академик и председатель УрО В.А. Черешнев.
В том же году создан Горный институт УрО РАН АН СССР во главе с член-корреспондентом Аркадием Евгеньевичем 
Красноштейном, бессменно руководившим им до 2009 года.
После переименования Уральского отделения наук СССР (УрО АН СССР) в Уральское отделение Российской академии наук (УрО РАН) на основании Указа Президента РФ от 21.11.1991г. № 228 все вошедшие институты на базе ПНЦ стали именоваться с измененной аббревиатурой УрО РАН: ПНЦ УрО РАН, ИМСС УрО РАН, ГИ УрО РАН, ИЭГМ УрО РАН.
В 1994 году Пермский отдел социально-экономических исследований Института экономики УрО РАН преобразован в Пермский филиал ИЭ УрО РАН .
В 2003 году создан Пермский филиал по исследованию политических институтов и процессов Института философии и права УрО РАН. В 2004 году создан Пермский филиал Института истории и археологии УрО РАН. В августе 2013 года оба гуманитарных филиала переданы в структуру ПНЦ УрО РАН как отделы: отдел по изучению политических институтов и процессов и отдел истории, археологии и этнографии.
В 2013 году была организована лаборатория фотоники ПНЦ УрО РАН по инициативе председателя Президиума Пермского научного центра академика В.П. Матвеенко и генерального директора Пермской научно-производственной приборостроительной компании (ПНППК) А.Г. Андреева.
В 2013 году в результате объединения Российской академии наук и Российской академии сельскохозяйственных наук в состав ПНЦ УрО РАН вошёл Пермский научно-исследовательский институт сельского хозяйства (ПНИИСХ).
В 2017 году ПНЦ УрО РАН был реорганизован в ПФИЦ УрО РАН (Федеральное государственное бюджетное учреждение науки Пермский федеральный исследовательский центр Уральского отделения Российской академии наук) в форме присоединения:
- Института механики сплошных сред Уральского отделения Российской академии наук (ИМСС УрО РАН),
- Института технической химии Уральского отделения Российской академии наук (ИТХ УрО РАН),
- Горного института Уральского отделения Российской академии наук (ГИ УрО РАН),
- Института экологии и генетики микроорганизмов Уральского отделения Российской академии наук (ИЭГМ УрО РАН),
- Пермского научно-исследовательского института сельского хозяйства (ПНИИСХ).