На основании постановления ЦК КПСС и Совета Министров СССР от 26 сентября 1987 г. № 1088 «Об Уральском и Дальневосточном отделениях Академии наук СССР» , постановления Президиума Академии наук СССР от 22 января 1988 г. № 12 и постановления Президиума Уральского отделения АН СССР от 1 февраля 1988 г. создан Пермский научный центр Уральского отделения Академии наук СССР на базе учреждений Академии наук СССР, расположенных в г. Перми.
Первым председателем Пермского научного центра УрО РАН (1988-2000 г.г.) был доктор технических наук, профессор, член-корреспондент РАН Юрий Степанович Клячкин.
С 2000 года по 2017 год председателем Пермского научного центра УрО РАН становится академик РАН Матвеенко Валерий Павлович (на основании распоряжения УрО РАН № 108 от 15.06.2000 г.)
В соответствии с постановлением Президиума Российской академии наук от 18 декабря 2007 г. № 274 переименован в Учреждение Российской академии наук Пермский научный центр Уральского отделения РАН.
Постановлением Президиума Российской академии наук от 13 декабря 2011 г. № 262 изменен тип и наименование на Федеральное государственное бюджетное учреждение науки Пермский научный центр Уральского отделения Российской академии наук.
В соответствии с Федеральным законом от 27 сентября 2013 г. № 253-ФЭ «О Российской академии наук, реорганизации государственных академий наук и внесении изменений в отдельные законодательные акты Российской Федерации» и распоряжением Правительства Российской Федерации от 30 декабря 2013 г. № 2591-р ПНЦ УрО РАН передан в ведение Федерального агентства научных организаций (ФАНО России).
Федеральное государственное бюджетное учреждение науки Пермский федеральный исследовательский центр Уральского отделения Российской академии наук (ПФИЦ УрО РАН) организован в соответствии с приказом ФАНО России N340 от 28.06.2016 г. на базе Пермского научного центра Уральского отделения Российской академии наук (ПНЦ УрО РАН) в результате реорганизации в форме присоединения к нему Института механики сплошных сред Уральского отделения Российской академии наук (ИМСС УрО РАН), Института технической химии Уральского отделения Российской академии наук (ИТХ УрО РАН), Горного института Уральского отделения Российской академии наук (ГИ УрО РАН), Института экологии и генетики микроорганизмов Уральского отделения Российской академии наук (ИЭГМ УрО РАН), Пермского научно-исследовательского института сельского хозяйства (ПНИИСХ).
С 2017 по 2022 гг. директором ПФИЦ УрО РАН был академик РАН Барях Александр Абрамович (на основании приказа ФАНО России № 688 от 24.07.2017 года).
Научным руководителем – академик РАН Матвеенко Валерий Павлович (на основании Постановления президиума РАН № 151 от 19 сентября 2017 года).
С 2018 года ПФИЦ УРО РАН в связи с упразднением ФАНО России подведомственен Министерству науки и высшего образования Российской Федерации.
Директором ПФИЦ УрО РАН С 22 ноября 2022 г. назначен член-корреспондент РАН, д.ф.-м.н. Плехов Олег Анатольевич (на основании Приказа Минобрнауки России № 10-3/280п-о от 18.11.2022 г.)
Научным руководителем Центра - академик РАН, д.т.н., профессор Матвеенко Валерий Павлович (на основании Постановления президиума РАН № 251 от 2 ноября 2022 года).
Руководителем научного направления "Горные науки" Центра академик РАН, д.т.н., профессор Барях Александр Абрамович (на основании Постановления президиума РАН № 252 от 2 ноября 2022 года).
